本校の専攻科には機械情報システム工学専攻、電気電子工学専攻、物質工学専攻の3専攻があります。それぞれで本科の卒業研究をさらに深く探求する特別研究を実践し、広く国内外の学会で成果を発表しています。特例適用専攻科の認定を受けており、対象者は大学改革支援・学位授与機構から専攻毎に一括した申請・審査を経て学位が授与されます。1年後期には個別最大化の学びの期間が設けられ、個々のキャリアデザインを考えながら社会実装・創造研究・グローバルの各活動を組み合わせたプロジェクトを進めます。